יש לקחת בחשבון את התנאים הבאים בעת האחסון:
סביבה יבשה
לוורמיקוליט תכונות ספיגת מים חזקות ויש לאחסן אותו בסביבה יבשה, עם שליטה אידיאלית בלחות מתחת ל-50%. לחות תגרום לוורמיקוליט לספוג מים, להתנפח ולהתקבץ, להשפיע על הרפיון והנשימה שלו, ובכך להפחית את יעילותו. ניתן לשים במחסן חומרי ייבוש כמו סיליקה ג'ל ולהחליף אותם באופן קבוע.
טמפרטורה מתאימה
יש לאחסן ורמיקוליט בטמפרטורת החדר, בדרך כלל בין 10 מעלות ל-30 מעלות. טמפרטורות גבוהות מדי עלולות לגרום לשינויים בתכונות הפיזיקליות של ורמיקוליט, בעוד שטמפרטורות נמוכות מדי עלולות לגרום ללחות הפנימית לקפוא ולפגוע במבנה שלה.
הימנע מזיהום
יש לאחסן ורמיקוליט הרחק ממקורות זיהום, כגון כימיקלים ושמן. מזהמים אלו ישנו את התכונות הכימיות של הוורמיקוליט ויפחיתו את איכותו. יש לאחסן את הוורמיקוליט במחסן ייעודי או במיכלים אטומים כדי למנוע כניסת אבק ופסולת.
